Direktori GNU/Linux tersusun secara hirarki. Berbeda dengan Ms Windows yang mengelompokkan berdasarkan partisi yang ada. GNU/Linux dan distribusi Linux yang lain hanya memiliki satu hirarki direktori besar yang berisi semua partisi yang ada. Direktori teratas adalah direktori root yang ditandai dengan forward slash (/).

Dibawah ini direktori root (/) berisi subdirektori /bin, /boot, /dev, /etc/, /home, /lib, /lost+found, /misc, /mnt, /proc, /root, /sbin, /tmp, /usr, /var. Di bawah ini subdirektori yang telah disebutkan diatas, masih terdapat subdirektori lagi hingga pada akhirnya berupa file saja.

Struktur Direktori
                                Struktur Direktori Linux

Berikut struktur direktori dari GNU/Linux.

/ Root :

Direktori root yang membawahi seluruh direktori dan file yang ada.

Hanya user root saja yang memiliki hak tulis di bawah direktori ini.

/usrUser Programs :

Berisi file biner, pustaka, dokumentasi dan kode sumber level kedua.

/usr/bin/ berisi file biner untuk program user. Jika anda tidak menemukan sebuah file biner di bawah /bin, coba lihat di direktori /usr/bin. Sebagai contoh at, awk, cc, less.

/usr/sbin berisi file biner atau program untuk seorang sistem administrator . Jika sebuah program  tidak ditemukan direktori /sbin, coba lihat ke direktori /usr/sbin

/usr/local berisi program user yang diinstal dari kode sumber . Sebagai contoh saat anda menginstal program postfix dari kode sumber maka file binernya akan terletak di /usr/local/postfix.

/bin User Binaries :

Berisi file biner/program yang dapat digunakan oleh seluruh user.

Program umum yang digunakan di mode single-user terletak di direktori ini.

Contoh program yang terletak di direktori ini seperti cp, grep, ps, ls dan ping.

/sbinSystem Binaries

Sama halnya dengan  /bin, /sbin juga berisi file-file biner. Namun perintah-perintah Linux yang berada di bawah direktori ini digunakan oleh administrator sistem untuk tujuan pemeliharaan sistem.

Contoh perintah yang ada direktori ini adalah iptables, reboot, fdisk, ifconfig, dan sebagainya.

/devDevice Files

Berisi perangkat keras (hardware) seperti USB, hard disk, dan lain-lain)

/etcConfiguration Files

Berisi file-file konfigurasi yang dibutuhkan oleh seluruh program yang berjalan di GNU/Linux.

/procProcess Information

Berisi informasi tentang proses sistem seperti informasi sumber daya memory, CPU, dll, /proc juga bersifat sistem file pseudo yang berisi informasi proses yang sedang berjalan. Sebagai contoh direktori /proc {PID} berisi informasi proses dengan PID tertentu.

/varVariable Files

Berisi system log file (/var/log), paket dan file database (/var/lib), e-mail (/var/mail), print queue (/var/spool), lock file (/var/lock)

/homeHome Directories

Direktori /home adalah direktori tempat user berada sebagai tempat penyimpanan data pribadi untuk masing-masing user yang bersangkutan.

/bootBoot Loader Files

Direktori tempat file-file boot loader seperti lilo, grub serta inird kernel dan vmlinuz berada.

/mntMount Directory

Direktori sementara yang digunakan untuk me-mount file system.

/mediaRemoveble Media Devices

Direktori sementara yang diguanakan untuk me-mount removeble device seperti cdrom, dvdrom, flashdisk.

/srvService Data

Srv singkatan dari service berisi data servis spesifik untuk server seperti /srv/cvs berisi data cvs.

/libSystem Libraries

Berisi file pustaka yang digunakan oleh program yang terletak di /bin dan /sbin. Biasanya diakhiri dengan ekstensi .so.

/optOptional add-on Applications

Opt singkatan dari optional berisi aplikasi add-ons.

/tmpTemporary Files

Direktori yang berisi file-file sementara yang dibuat oleh sistem dan pengguna (user).

/rootRoot User’s Home Directory

Merupakan direktori home untuk user root.